喀什全称“喀什噶尔”，意为“玉石集中之地”，有文字记载的历史2000多年。

喀什地区境域，秦汉之际，有西域三十六国的疏勒、莎车、尉头、子合、西夜、蒲犁、依耐、乌禾乇、捐毒、休循等诸国，其中疏勒、莎车较大，张骞出使西域时曾至这里。

西汉神爵二年（前60年），汉朝在乌垒（今轮台县东野云沟南）设置西域都护府后，疏勒、莎车等国属其管辖，标志着境域正式纳入中国版图。

东汉初年，莎车一度称霸西域，时五十五国咸听其号令。永平十七年（74年）起，班超驻守疏勒长达17年，使封闭65年之久的丝路南道再度开放。

三国至西晋时期，疏勒先后兼并了周围的莎车、竭石、西夜、蒲犁等国成为西域一个比较大的地方政权。

南北朝至隋代，今喀什地区境内主要有疏勒、朱俱波、渴盘陀等国，多次遣使至中原朝贡。

唐显庆三年（658年），唐朝在平定西突厥阿史那贺鲁之乱后，在疏勒设置去沙都督府，后改为疏勒都督府，府下设15个州，范围囊括今喀什地区全境及克孜勒苏柯尔克孜自治州，地域辽阔，为当时有名的“安西四镇”之一。它曾有力地维护了西域与内地在政治上的统一，保障了盛唐时期“丝绸之路”的畅通。唐开成五年（840年），居于漠北的回鹘汗国为黠戛斯所败，大规模西迁，其中一支迁至疏勒境内。后来喀喇汗王朝建立，这里又成为其东部重镇和陪都，“喀什噶尔”一名从此显见于史籍。至北宋庆历元年（1041年）前后，喀喇汗王朝分裂为东、西两部，东喀喇汗王朝建都于喀什噶尔，今地区辖境属汗国近畿之地。

南宋嘉定十一年（1218年）后，今喀什地区境内成为蒙古汗国的辖地。淳口十二年（1252年），蒙古设立别失八里等处行尚书省，喀什噶尔等城受其管辖。

元代，境域虽属察合台汗国、东察合台汗国辖地，但受蒙古朵豁剌惕部直接管理。

明代，境内先有大小“地面”，互不统属，后有号称“喀什噶尔王国”的阿巴拜克热政权。正德九年（1514年），叶尔羌汗国建立，今喀什地区为其核心区域和政治、经济、文化中心。

清初，准噶尔部兴起，在灭亡叶尔羌汗国之后，扶植依达也提拉（阿帕克和卓）等傀儡统治南疆。清朝平定准噶尔部后，南疆地区纳入清朝版图。乾隆二十四年（1758年），清朝在平定大小和卓之乱后，在喀什噶尔设“总理回疆事务参赞大臣”，管理南疆八城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔）事务，同时“因俗设制”，在各地保留了以阿奇木伯克为首的伯克制度。至光绪三年（1877年），清政府在驱逐阿古柏侵略势力收复新疆后，于光绪九年（1883年）废除伯克制和“军府制”，设置喀什噶尔道，下辖有疏勒府、莎车府、英吉沙尔直隶厅、蒲犁分防厅、和阗直隶州和疏附、伽师、叶城、皮山、洛浦、于阗6县。

民国初年，沿袭清末旧制。民国二年（1913年），府、厅、州均改为县后，喀什噶尔道管辖疏附、伽师、叶城、皮山、于阗、洛浦、疏勒、莎车、英吉沙、蒲犁、巴楚、和阗12县，以及陆续成立的麦盖提、乌恰、泽普、阿图什、岳普湖、墨玉6县。民国九年（1920年），原隶属喀什的叶城、皮山、于阗、洛浦、和阗、墨玉6县析出，划归新成立的和阗道管辖。民国十九年（1930年）废道改行政区，设喀什行政区，列为新疆第三行政区。民国三十一年（1942年），析出莎车、泽普、麦盖提3县与和阗区的叶城县合并，设立新疆第十行政区（莎车区），管辖莎车、泽普、麦盖提、叶城4县。至民国三十二年（1943年），第三区（喀什区）、第十区（莎车区）分别改为专区。

中华人民共和国成立后，1952年5月25日，喀什市成立。1954年8月21日，南疆行署成立，喀什专署撤销，其所辖喀什市及疏勒、疏附、英吉沙、岳普湖、伽师、巴楚、蒲犁7县归南疆行署直接领导；莎车、和田、阿克苏3个专区及克孜勒苏柯尔克孜自治州亦由南疆行署领导。1956年6月30日，南疆行署和莎车专署撤销，南疆行署所属阿克苏、和田2个专区及克孜勒苏柯尔克孜自治州交新疆维吾尔自治区领导，原南疆行署直属县（市）及原莎车专区各县由新成立的喀什专区管辖。喀什专区管辖喀什市及疏勒、疏附、英吉沙、伽师、岳普湖、巴楚、麦盖提、莎车、泽普、叶城、塔什库尔干11个县。1971年1月11日，喀什专区更称为喀什地区。